体育部是包头医学院建校时成立的二级教学单位，成立于1958年（体育教研室），是以教学为主的教学科研单位。体育部承担着全校本、专科学生的体育教学、运动队训练竞赛、师生的群体活动辅导和学生体质健康测试任务、以及运动与康复专业建设和本专业学生的学生管理工作。

体育部党总支下设有教工党支部、学生党支部、团总支。行政教学设有综合办公室、体质健康测试中心、场馆管理科、体育教学教研室、群体竞赛教研室、运动康复教研室。

我校体育课开设了足球、篮球、排球、乒乓球、羽毛球、网球、健美操、太极拳、跆拳道等九个体育选项项目。实行课程组、教学教研室、体育部三级管理。实现了体育课的网上选课和选项教学，并开设多项公共选修课，为更多的学生提供体育学习的机会。体育部现有教职员工28名（其中2名兼职）。正教授1名、副教授12名、讲师10名、助理研究员1名、高级实验师1名、实验师1名、助教1名、技工1名。其中研究生15名。多名教师申报完成了多项课题，参与编写国家级教材、专著多部，完成教学研究和教改、科研论文若干篇。

体育部拥有的较好的体育教学条件和设施。综合体育馆内有2块篮球场、2块排球场、10块羽毛球场，另有健美操室、乒乓球室、健身房等。室外标准塑胶草坪田径场，草坪足球场，室外篮球场12块，排球场8块，网球场6块。先后承办了2009年全国U17足球比赛、2010年世界中学生排球锦标赛、2010年自治区大学生排球赛、2011年中国乒乓球俱乐部超级联赛（内蒙赛区）、2011年全国第十一届中学生运动会的健美操、乒乓球两个项目、2015年全区第十届大学生运动会排球赛的比赛。

体育部现有校代表队6支，分别是田径队、女子篮球队、男子足球队、女子足球队、男子排球队、女子排球队，教练员10人，队员116人。随着我校校园群体工作的蓬勃发展，运动队和集训队在数量和训练质量上均取得长足的发展，运动成绩稳步提升，取得了优异的成绩。2014年，在全区第十三届运动会上，我校田径队获1金3银的好成绩；2015年，在全区第十届大学生运动会上，我校获得女排第二名、男排第三名的优异成绩，实现了历史性的突破。